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根据矿物药的来源不同、加工方法及所用原料性质不同等，将矿物药分为三类。
原矿物药： 指从自然界采集后，基本保持原有性状作为药用者。按中药分类规律，其中包括矿物（如石膏、滑石、雄黄）、动物化石、（如龙骨、石燕）及以有机物为主的矿物（如琥珀）。矿物制品药：指主要以矿物为原料经加工制成的单味药，多配伍应用（如白矾、胆矾）。
矿物药制剂： 指以多味原矿物药或矿物制品药为原料加工制成的制剂。中药制剂里的“丹药”即属这类药（如小灵丹、轻粉）。
矿物制品药与矿物药制剂虽均属加工制品，但前者多是以单一矿物为原料加工制成，以配合应用为主而很少单独应用，后者多半以多味原矿物药或矿物制品药为原料加工制成，以单独应用为主而很少配合应用。采用这种分类方法一则是中药历代就有这种分类的趋向，二则是为便于今后进一步分别研究；加快矿物药发展的步伐。如原矿物药性质、产出主要与地质学科联系密切，矿物制品药有的与化工部门产品是同出一源（如铅丹），而矿物药制剂主要属于无机化学领域。
这样分类后，主要矿物组份相同的单味药列为一味，而次要（或微量）元素不同或物理性状不同的将分列为不同单味药。也就是突出了矿物种和亚种的区分，使矿物组份和化学成分二者在矿物药分类中各自起着独立的作用。如大青盐与光明盐虽然均以石盐为主要组成矿物，但化学成分不同分列为两味，二者功能有异。滑石或阳起石等与其纤维状的亚种不同，也分列为不同单味药，它们的功能或毒副作用不同。
这样分类，并不排斥研究或应用矿物药的不同学科依各自的目的作出不同的分类。如药物学尚可按矿物药的功能分为清热解毒药、利水通淋药、理血药，潜阳安神药、补阳止泻药，消积药、涌吐药、外用药等；或从矿物药的主要阳离子种类划分为汞化合物类、铁化合物类、铝化合物类、铜化合物类、铝化合物类、砷化合物类、硅化合物类、钙化合物类、镁化合物类、钠化合物类等。